安装微软免费杀毒软件MSE（Microsoft Security Essentials）之后，Windows Defender会被自动关闭，因为MSE已包括了Defender的功能。这两者并不能共存，当然了，对于普通用户来说，权衡之后MSE是最佳选择。
微软技术支持工程师Marcelle Amelia表示：“如果你使用MSE，那么你就不再需要Windows Defender了。当你下载了MSE后，它会自动关闭（并不卸载）Windows Defender。之所以这样是因为，你不需要同一台机器上有两个软件做相同的工作。”
如果你卸载了MSE，那么Windows Defender又会恢复正常，为你的计算机提供安全防护。微软证实，MSE 1.0和最近发布的MSE 2.0 Beta都会关闭自动关闭Windows Defender。如果Windows Defender在系统启动项中，建议用户将其从启动项中去掉：
— 单击开始，在“开始搜索”框中键入msconfig，然后按回车键。 — 点击“启用”的选项卡后，找到Windows Defender，将其前面的勾去掉。 — 按“确定”后重启电脑后确认问题。
