GeForce GTX 680明确支持PCI-E 3.0标准规范，但如果你正在使用Sandy Bridge-E处理器加X79主板组成的LGA2011高端平台，那么很遗憾，你不会得到PCI-E 3.0 x16，而只会有PCI-E 2.0 x16。
事实上，GeForce GTX 680正式发布之前的配套驱动是可以在LGA2011平台上开启PCI-E 3.0模式的，只是发布后的GeForce 301.10 WHQL等正式认证版本才降级到PCI-E 2.0。
GeForce GTX 680官方规格表中也加了这么一条注释：GeForce GTX 680支持PCI-E 3.0，(但是)Intel SNB-E/X79 PCI-E 2.0平台上目前仅支持最高5GT/s (PCI-E 2.0)的总线速度，尽管不少主板厂商都实现了8GT/s (PCI-E 3.0)的速度。
来自PC主板厂商的消息同样证实，对于GeForce GTX 680而言，PCI-E 3.0只能到原生支持的Ivy Bridge平台上才会实现，至于在SNB-E/X79平台上，NVIDIA可能正在攻关解决。
对此问题，NVIDIA方面也很快发出了一份公开声明，做出了更详尽的解释：
SNB-E/X79是一套原生PCI-E 2.0平台，不过部分主板厂商实现了PCI-E 3.0的速度。GTX 680首发驱动之中，我们在SNB-E/X79平台上只支持PCI-E 2.0，同时也在努力验证达成更快的速度。Ivy Bridge之类的原生PCI-E 3.0平台配合首发驱动会运行在全速PCI-E 3.0之上。
GeForce GTX 680支持PCI-E 3.0，完全符合SIG PCI Express规范，并在多个即将到来的PCI-E 3.0平台上通过了验证。一些主板厂商通过更新SBIOS，让SNB-E/X79 PCI-E 2.0平台得以运行在8GT/s总线速度上。NVIDIA目前正在对此速度的SNB-E/X79 GTX 680平台进行验证，争取未来通过软件(驱动)更新实现8GT/s速度。在那之前，GTX 680在SNB-E/X79主板上会运行于PCI-E 2.0速度。
不过有趣的是，有关SNB-E/X79是否原生支持PCI-E 3.0，就连Intel自己在发布的时候都语焉不详，只是说理论上有此可能。虽然AMD Radeon HD 7000系列第一时间就在该平台上支持PCI-E 3.0，但是看起来NVIDIA更加谨慎一些，希望确保性能、兼容性等一切都万无一失之后再公开支持。
GeForce GTX 680官方规格表中的PCI-E模式脚注
