安卓系统的碎片化不仅严重影响了厂商的设备开发、用户的实际体验，也带来了严重的安全问题。美国国土安全部发布报告称，44％的安卓手机正因为无法升级新系统而面临严重的安全威胁。
这份报告称：“44％的安卓用户仍在使用2.3.3到2.3.7版本，也就是2011年发布的‘姜饼’(Gingerbread)，其中有很多后续版本修复了的安全缺陷。”
报告中还提供了一个对比饼图，更清晰地展现了安卓系统的危险处境：2012年移动系统遭到的恶意软件威胁中，安卓一个就占了79％，其次是古老塞班19％，苹果的iOS则不过区区0.7％，此外黑莓、Windows Phone各占0.3％。
报告指出，这些用户最容易遭到的安全威胁有三种：偷发短信的木马(约占总攻击的一半)、窃取密码信息的Rootkit、假冒的Google Play域名。
不过，国土安全部也同时指出，安卓4.3已经是一个非常安全的系统了，保护机制相当健全。
