据今天微软在其网站上的一份支持文档中承认，与Windows XP SP2的情况相同Windows Server 2003 SP1也与14种软件不兼容，其中还包括一些微软的软件。
与Windows XP SP2一样，Windows Server 2003 SP1也不仅仅是过去发布的补丁软件的合集，它也改变了系统的缺省设置，并包含有大量的新功能和工具。 同样，Windows Server 2003 SP1也给一些服务器软件带来了问题。最初时Windows XP SP2曾与50多种软件不兼容。微软在Windows Server 2003 SP1上对127种服务器软件进行了测试，支持文档指出，测试的目的是确保服务器软件在Windows Server 2003、Windows Server 2003 SP1上能够实现同样的功能。
在没有通过测试的14种软件中，有些是微软的软件，其中包括Internet Security and Acceleration (ISA) Server 2004 Standard、Exchange Server 2003、Systems Management Server (SMS) 2003。受到影响的其它厂商的应用软件包括冠群的Brightstor ARCserve Backup 11.0、Citrix的Metaframe XPe FR3等。
在WinXP SP2发布一直到微软表示要强制安装的时候，还有调查显示有相当多的公司还没有决定究竟是否要安装SP2。而且有大约40％的公司主动采取避免安装SP2的行动，只有7％的公司主动的接受了安装补丁。这次Win2003 SP1的发布不知道是否会重蹈WinXP SP2的覆辙，使用户为了不装补丁包而关掉AU呢？
