vivo X6 Plus依然搭载自家的Funtouch OS系统，版本号与X6保持一致，均为2.5，基于Android 5.1深度定制，整体操作界面风格一如既往的清新亮丽。
圣诞节，X6 Plus自动更换了节日气氛的锁屏壁纸
新系统在外观和功能方面并没有太大的改变，继承了长截图和屏幕视频录制功能，易用性极高！不过得益于电池容量的增大，该机并没有采用X6的黑色主题，在某些系统界面，白色背景看起来更为美观。
vivo X6 Plus支持智能亮屏熄屏、智能通话等体感操作，还支持单手操作以及超级截屏。
手机内置的安全助手“i管家”有了全新的升级，界面更具沉浸感，功能也更为丰富，包括大文件清理、隐私空间、手机找回等功能，完全可以取代第三方安全APP。
它可以在主流视频类应用的全屏播放界面支持悬浮图标的显示，甚至在部分卡牌类游戏以及电子书的全屏界面也同样做到支持。
比如，当你正在看视频的时候，如果这时来了QQ消息，就会显示出一个小图标，向下一拉就能进行分屏操作，可以一边看视频一边聊天。目前该功能首次上线，暂时支持分屏的应用只有QQ、微信以及信息三款应用，从大家最常使用的入手，vivo也是找到了用户痛点。
非常实用的还有，2.5版Funtouch OS的相机还集成了微信的小视频功能，最新版的微信已经不支持聊天列表下拉启动小视频录像了，必须先进入朋友圈才能找到。而在X6上，只需打开相机就能找到“小视频”功能，拍摄完自动跳转到朋友圈分享界面，同样是6秒钟，极为方便。
