2月23日，阿里健康宣布向国家食药监总局移交药品电子监管网系统，引起轩然大波。国内19家连锁药店发表联合声明，要求“全面取消现行药品电子监管码”以及“阿里健康彻底退出药品信息化监管”。
19家药店表示，强制推行电子监管码既没有上位法支持，也不符合国务院2015年95号文提出“发挥企业主体作用”的精神，应该全面取消而不是暂停。此外，阿里健康介入到药品信息监管当中，既关系到国家数据安全，又造成不公平竞争，同时涉嫌绑架公权利用数据牟利，必须彻底出局才能真正解决矛盾。
对此，阿里健康在其官方微博中发布声明称，阿里健康认为“大数据是杜绝假药问题的正确方向”，自称投入亿元杜绝假药是给假药找“麻烦”，也是给阿里健康自己找“麻烦”。
据阿里健康自述：自阿里巴巴入股中信21世纪有限公司以来，阿里健康在持续困损的状况下，仍然投入人民币近亿元资金，对原有药品电子监管网基于云计算进行技术架构改造，从网络、存储、服务器、缓存、分布式框架、信息分发、负载均衡、安全等进行全范围的重构，提升药品电子监管网的系统处理性能、可扩展性和高可用性。
阿里健康声明表示，任何改革和创新都要付出代价，但不会放弃参与健康和医疗改革的初心和坚持。市场竞争靠的是“阳光”与实力，对其“莫须有”的攻击将通过法律维护自身权利。
