华为P9搭载最新的EMUI 4.1系统，基于Android 6.0深度定制，新版本在指关节截屏和屏幕录制的基础上，还加入了“Wi-Fi 2.0”、“学生模式”等高级功能。
EMUI 4.1依然采用半扁平的圆角矩形图标，色彩上稳重大气，在“左-1”栏提供了类似iOS 9的“快捷搜索”和“应用推荐”，这里的“应用推荐”是可以通过右上角的设置按钮关闭的，不过搜索框却和iOS 9一样完全去不掉。
考虑到华为手机下拉也可以实现同样的搜索功能的，建议华为能够提供一个完全移除“左-1”的开关，给用户更多选择。 Wi-Fi 2.0
在WiFi+2.0中，华为P9加入了Portal热点一键登录功能，针对国内用户公用Wi-Fi进行登录简化，P9用户登录公用Wi-Fi时会自动读取短信，直接连接使用。
从华为获得的数据显示，目前国内支持Portal热点一键登录的公用Wi-Fi有将近700个，对于国外公用Wi-FI的Portal热点一键登录将会向P9用户陆续开放。
同时，华为P9还支持对长时间连接的Portal热点进行检测：对于酒店等有时限限制的Wi-Fi环境，超时连接时P9会自动后台检测，引导用户进行二次登陆，保持已连Wi-Fi通畅。 学生模式
此外，华为P9新系统中还加入了“学生模式”，也就是让熊孩子好好学习，不能浏览黄色网站的。
在“学生模式”中，家长可以设定允许运行哪些应用程序，而且所有程序的运行总时间和当日时间都能查的一清二楚，这也就对孩子这一段时间做了什么摸的一清二楚，简直熊孩子的噩梦。
不仅如此，家长还能查看孩子浏览了哪些网页，点击链接即可预览，如果发现是一些比较羞羞的网站，还支持一键添加黑名单。而且当把一个网页添加到黑名单时，与之相应的同网站其他网页也自动被屏蔽。
