系统方面，美图M6从上一代M4的MEIOS 2.0升级到了3.0，整体风格依然粉红气息浓郁，少女心爆棚。同时由于指纹识别功能的加入，在体验更为丰富有趣。
新系统由Android 6.0系统深度定制，默认的UI界面采用修长设计，明显与修长的机身相协调。如果你不习惯这种风格，美图也准备了“圆润风格”和“简洁风格”，可随意切换：
美图M6支持双击亮屏，在锁屏界面点亮屏幕后随即双击还能熄灭屏幕，非常适合偶尔查看时间。对美图M6这种电源键放在顶部的手机来说就更适合了。
美图手机内置了“黄页”功能，一些常用的电话可以直接搜到。
美图旗下多款图片App都已内置到手机中，很多女孩子这都安装了这些APP，免去了再去搜索下载的繁琐，而且这些都是支持卸载的。
考虑到女生的需求，各种拦截、自启动、权限都一一打造成专门的图标，设置起来毫无压力。
得益于指纹识别的加入，美图M6还加入了“相册加密”功能，只有放上收录过指纹的手指才会显现，而且无需密码，用起来非常安全便捷。
