长期以来日本以科学研究为由进行捕鲸活动，对此反捕鲸组织表示事实上多数被不杀的鲸鱼都被端上了餐桌或者变成了美妆、工业用品摆上货架。
基于此，反捕鲸组织多次呼吁日本停止捕杀鲸鱼，并对捕鲸船实施拦截，双方多次发生正面冲突。
不过现在双方的僵持局面出现转机，反捕鲸组织态度有所软化。
环球网援引日本《朝日新闻》报道称，负责“科研捕鲸活动”的日本鲸类研究所及其船舶此前曾向美国华盛顿州联邦地方法院起诉，要求“海洋守护者协会”(Sea Shepherd)等反捕鲸团体停止妨碍“科研捕鲸船”的活动。日本鲸类研究所23日宣布，双方通过调停意见已达成一致。
根据日本鲸类研究所公布的双方达成一致的内容，对科研捕鲸船与乘务员的攻击行为，以及威胁航海安全的航行被永久禁止。海洋守护者协会不用为靠近科研捕鲸船500码以内，以及妨碍行为赔偿。以此结束了日本鲸类研究所2011年的上诉。
美国法院2013年曾以“海洋守护者协会等团体明显的暴力行为，是具体化的海盗行为”为由，严令禁止攻击科研捕鲸船。但是，此后妨碍行为仍在持续，美国法院2014年曾判处海洋守护者协会等团体蔑视法庭罪，海洋守护者协会支付了日本鲸类研究所等机构约3亿日元的赔偿金。
在南极海域的科研捕鲸活动，2014年被国际法庭判定为违法行为，以后已被中止。然而日本水产厅2015年12月制定了新计划，再次开展了捕鲸活动。
日本渔民在出海捕鲸前举行祭典
