魅蓝U20搭载基于阿里YunOS 5.1.1的Flyme 5.2.4Y，版本号最后的“Y”指代的就是基于YunOS系统。
虽然底层不是常见的Android，但基本与基于Android的Flyme差不太多。从界面到交互，依然是那个美美的Flyme系统。
整体体验而言，YunOS版Flyme已经相当成熟，使用起来也非常流畅，如果说大型游戏加载略慢的话，就是处理器性能的原因了，毕竟如今Helio P10就是一款为千元机准备的处理器。
通知栏和多任务后台
魅蓝U20系统预装了7、8款第三方应用，包括微博、天猫、京东、高德、途牛旅游等等，都可以卸载。完全卸载后，只需一屏就能容纳几乎所有常用的内置APP了，相当简洁。
魅蓝U20还支持超大字体简易模式，无需重启手机可瞬间进入。开启简易模式后，包括桌面APP图标和设置界面字体都明显变大，适合老人使用。
m-Touch指纹识别可用于解锁密码、文档锁定、APP加密，保护隐私安全。此外，还可以设置单独的4位数字解锁密码，进入访客模式。
