微软已经决定，在Windows Vista中放弃WinFS之后，该技术并不会被彻底束之高阁，而是将首先用于数据库软件SQL Server。
负责WinFS项目管理的Quentin Clark在其Blog中披露说，代号Katmai的新版SQL Server将整合来自WinFS项目的技术，用于存储非结构化数据和自动执行管理任务。
2003年，微软将WinFS称为Vista操作系统的“支柱”之一，但随着Vista的进展艰难，微软决定不再新版Windows中采用WinFS技术，但仍然坚持对其进行开发。
Clark表示，微软并未排除在今后的Windows中使用WinFS技术的可能性，但首先用于SQL Server的决定意味着WinFS不会作为独立的产品推出，包括原定的Beta 2。
在Clark的Blog中发表评论的用户表达了对微软这一最新决定的失望。一名用户写到：“我们能接受的底线是WinFS作为Windows的一个组件，用以增强文件系统并为Windows应用程序的数据存储提供一个新平台。现在，一切都结束了。无论微软做什么，都无法弥补了。”
