9月21日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例41例。其中境外输入病例25例（云南14例，上海6例，福建2例，广东2例，四川1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（福建1例，四川1例）；本土病例16例（福建13例，其中厦门市11例、莆田市2例；黑龙江3例，均在哈尔滨市）。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例（均在上海）。
当日新增治愈出院病例37例，解除医学观察的密切接触者797人，重症病例较前一日增加2例。
境外输入现有确诊病例532例（其中重症病例5例），现有疑似病例4例。累计确诊病例8868例，累计治愈出院病例8336例，无死亡病例。
截至9月21日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例984例（其中重症病例14例），累计治愈出院病例90231例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例95851例，现有疑似病例4例。累计追踪到密切接触者1182333人，尚在医学观察的密切接触者16770人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者9例（均为境外输入）；当日转为确诊病例2例（均为境外输入）；当日解除医学观察14例（均为境外输入）；尚在医学观察的无症状感染者342例（境外输入333例）。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28381例。其中，香港特别行政区12166例（出院11878例，死亡213例），澳门特别行政区63例（出院63例），台湾地区16152例（出院13742例，死亡840例）。
2021年9月21日0-24时，黑龙江省新增新冠肺炎本土确诊病例3例（哈尔滨市巴彦县3例)。自9月21日24时起，将哈尔滨市巴彦县兴隆镇（兴隆林业局有限公司街道办事处）利民家园小区、安民家园小区调整为中风险地区。
截至2021年9月21日24时，全省现有境外输入确诊病例6例，本土确诊病例3例。
