根据软件自由法律中心(SFLA)的计算，用户每购买一份正版Windows，都在替微软支付21.5美元的所谓“专利费”(patent tax)，然后由微软支付给持有软件专利的各大公司。
计算的依据是微软每年都会向其他公司支付1亿多美元的法律赔偿，以了结35-40％的专利官司。最近比较大额的有：15.2亿美元给阿尔卡特-朗讯、12.5亿美元给Sun、5.36亿美元给Novell、4.4亿美元给InterTrust、1.15亿美元给z4 Technologies……。在2001-2004年，微软这方面的累计支出已经高达43亿美元。
SFLA称，由于Windows XP系统在同期三年内的销量约为2亿份，所以平均每一份都要承担21.5美元，而这些最终都是由消费者“买单”的，而北美和欧洲地区的用户掏得更多。
SFLA同时指出，免费、开源的Linux系统就没有专利税问题，因此机构组织在考虑部署操作系统的时候都应该将这一点纳入考虑范围。
不过需要指出的是，SFLA的结论虽然在一定程度上反应了微软在专利问题方面的指出，但也有失偏颇。首先，微软的专利赔偿并没有全部转移到Windows的成本中，比如Windows XP OEM价格这几年并没有上涨，Windows Vista虽然价格较高，但按功能算平均也没有涨价。微软的利润率并不低，其Windows售价也都是根据市场状况而定，没必要在这方面挽回法律损失。
其次，即使这20多美元的额外成本成立，也不足以动摇用户对Windows和Linux的选择，尤其是大家都知道Linux免费Windows收费。很多人离不开Windows的主要原因当然还是第三方软件的强大支持，这一点正是Linux所无法比拟的。
